離子色譜按照分離原理分類，可以分3種不同類型，分別是離子交換色譜、離子對色譜和離子排斥色譜。.
　　
　　其中離子色譜分離，主要是應用離子交換的原理，采用低交換容量的離子交換樹脂來分離離子，它在離子色譜中應用zui廣泛，其主要填料類型為有機離子交換樹脂。
　　
　　離子對色譜的固定相為疏水型的中性填料，用于陰離子分離的對離子是烷基胺類，如氫氧化四丁基銨、氫氧化十六烷基*烷等。用于陽離子分離的對離子是烷基磺酸類，如己烷磺酸鈉、庚烷磺酸鈉等。
　　
　　離子排斥色譜，主要根據Donnon膜排斥效應：電離組分受排斥不被保存，而弱酸則有一定保存的原理制成。離子排斥色譜主要用于分離有機酸以及無機含氧酸根，如硼酸根、碳酸根和硫酸根、有機酸等。
　　
　　目前，離子色譜的應用有：無機陰離子的檢測；無機陽離子的檢測和有機陰離子和陽離子分析，主要包括生物胺，有機酸和糖類分析。
　　
　　具體在實驗中，用戶應該結合實際選擇合適的分離方式，例如水合能高和疏水性弱的離子，如Cl-或K，用HPIC分離。水合能低和疏水性強的離子，如高氯酸（ClO4-）或四丁基銨，用親水性強的離子交換分離柱或MPIC分離。有一定疏水性也有明顯水合能的pKa值在1與7之間的離子，如乙酸鹽或丙酸鹽，用HPICE分離。有些離子，既可用陰離子交換分離，也可用陽離子交換分離，如氨基酸，生物堿和過渡金屬等。